Für die Therapie der Antibiotikakolitis werden meist Metronidazol oder Vancomycin eingesetzt; das neue Antibiotikum Fidaxomicin führt u. a. zu einer geringeren Rezidivrate, ist aber kostenintensiv.
Die Diagnose der Zöliakie beruht auf einem Screeningtest (Transglutaminase-Antikörper, endomysiale Antikörper) und Sicherung mittels Biopsie aus der Pars descendens duodeni und dem Bulbus duodeni.
Für die Eradikation von Helicobacter pylori sollten wegen vermehrt auftretender Resistenzen künftig bereits First-Line-Therapie sequenzielle Schemata zum Einsatz kommen. Eine Alternative zu diesem komplizierteren Einnahmemodus ist ein Fünf-Tage-Schema mit 3 Antibiotika.
Bei Patienten mit Verdacht auf eine primär sklerosierende Cholangitis soll immer der IgG4-Spiegel bestimmt werden. Ziel: Ausschluss einer IgG4-assoziierten Cholangitis.